Фамилия Понетайкин — редкая, но прозрачная по своему строению. Она образована по стандартной модели русских фамилий: к основе добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность к предку. Вопрос лишь в том, что скрывается за корнем Понетайк-.

Самый вероятный источник — прозвище Понетайка. В диалектах русского языка, особенно в южнорусских и украинских говорах, слово «понетайка» могло означать «понятие», «разумение», «смекалку». Человека с таким прозвищем, скорее всего, называли понятливым, догадливым, быстро схватывающим суть. В ряде говоров слово могло иметь ироничный оттенок — «себе на уме», «хитроватый». В любом случае, прозвище давали по уму и характеру, а не по профессии.

География фамилии подсказывает её корни. Понетайкины встречаются в основном в Поволжье и на юге России, что указывает на возможную связь с украинскими или донскими казачьими говорами. В украинском языке есть слово «поняття» (понятие), а суффикс -айк- характерен для прозвищ, образованных от глаголов: «понетайка» — тот, кто «понял», «додумался».

Менее убедительная, но возможная версия — связь с тюркским корнем. Если первая часть «понет» звучит как искажённое имя или прозвище, то -айка могло быть уменьшительным окончанием. Но для этой гипотезы нет надёжных параллелей в ономастике. Версия с «понятием» и смекалкой — самая прямая и логичная.

Таким образом, предок Понетайкин, скорее всего, получил прозвище за сообразительность или хитрость. Фамилия не дворянская и не крестьянская в узком смысле — она бытовала среди вольных людей, казаков и мещан, где прозвище могло закрепиться как родовое имя.