Фамилия Пониткин — редкий пример, где основа ясна, а вот происхождение прозвища даёт развилку. В её основе лежит слово «пониток» или «понитка». Так в южных и западных говорах России (а также в украинском и белорусском языках) называли домотканое полотно из шерсти, грубую ткань, а также верхнюю крестьянскую одежду из неё — что-то вроде свиты или сермяги. Человек, торговавший такой тканью или шивший из неё одежду, мог получить прозвище Пониток, а его потомки стали Пониткиными.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Пониткин», то есть сын или внук Понитка. Это стандартная модель русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий, оканчивающихся на -а, -о. Менее вероятно, но не исключено, что прозвище Пониток дали человеку, который постоянно носил такую одежду, — то есть бедному крестьянину, не имевшему возможности покупать фабричное сукно. В этом случае фамилия отражала бы не ремесло, а социальный статус или бытовую привычку.

Есть и вторая, более редкая версия: связь с диалектным глаголом «пониткивать» — делать что-то не спеша, мешкать, возиться. В таком случае Пониток — это прозвище медлительного человека. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол малораспространён, а название ткани и одежды встречается в письменных источниках начиная с XVII века, например, в документах по Слобожанщине и южнорусским уездам.

Фамилия Пониткин встречается преимущественно в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также на востоке Украины — там, где слово «пониток» было в ходу. В центральных и северных губерниях её почти нет. Это делает фамилию хорошим маркером южнорусского происхождения предков. Родственные фамилии — Понитков, Понитко, Понитенко — распространены у украинцев. В русском варианте закрепилась именно форма на -ин.

Сословная принадлежность Пониткиных, скорее всего, крестьянская или однодворческая. В списках однодворцев Курской губернии XVIII — начала XIX века фамилия изредка встречается, что подтверждает гипотезу о происхождении от человека, связанного с грубой домотканой одеждой — либо ремесленника, либо её постоянного носителя.