Фамилия Пониткина — женская форма фамилии Пониткин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого образована основа. Сама конструкция фамилии прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Пониткин), а значит, предок носителя фамилии был человеком по прозвищу или имени Понитка.

Что такое «Понитка»? Здесь возможны два основных варианта, и оба связаны с тканью. В русских говорах «понитком» или «пони́ткой» называли домотканый полушерстяной или льняной материал, нечто вроде грубой сермяги. Человек, носивший одежду из такой ткани или торговавший ею, мог получить прозвище Понитка. Второй вариант — это уменьшительно-ласкательная форма от имени Пони́т, которое само по себе является редкой народной формой канонического имени Ипполит (в просторечии — Полит, Понит). В этом случае прозвище Понитка означало бы «маленький Понит», то есть сын или родственник Ипполита.

Интересно, что фамилия Пониткин (и Пониткина) нечасто встречается в центральных областях России. Географически она тяготеет к северным и волжским регионам — Вологодской, Костромской, Ярославской губерниям. Именно там было распространено домашнее ткачество и бытовало слово «пониток», а также местные имена вроде Понит. Это делает версию с ремесленным прозвищем более правдоподобной: в крестьянской среде прозвище по роду занятий было естественнее, чем книжное имя. Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, относились к государственным или помещичьим крестьянам, а не к дворянству — фамилии на -ин у дворян образовывались от других, более звучных основ.