Фамилии, оканчивающиеся на -ев, в большинстве своем образованы от славянских имен или прозвищ. Понксев — случай иной, и корень здесь, скорее всего, не славянский, а финно-угорский. Основа «Понкс» или «Понксе» отчетливо перекликается с языками народов Поволжья и Приуралья, в первую очередь с марийским или удмуртским. В марийском языке есть слово «понго» — гриб. Форма «Понкс» могла быть диалектным вариантом или прозвищем человека, связанного со сбором грибов, либо указывать на внешнее сходство — например, на приземистую, коренастую фигуру.

Вероятно, исходное прозвище звучало как Понкс или Понкса. В русской среде к нему добавили патронимический суффикс -ев, характерный для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -а. Получается, что Понксев — это буквально «сын Понкса». Модель образования типична для северных и восточных регионов России, где русские фамилии нередко возникали на стыке с местными языками. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в центральных областях, -ев в данном случае подчеркивает необычный финал основы.

Самый близкий аналог — фамилия Пономарев, но там основа очевидна (пономарь). У Понксева основа темная для русского уха, что и выдает ее иноязычное происхождение. Встречаемость фамилии крайне низкая, искать ее стоит в Кировской области, Удмуртии, Марий Эл или на севере Пермского края. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или посадской — фамилии такого типа редко встречались у дворянства, которое предпочитало модели на -ский или -ич.

Версия о происхождении от тюркского корня маловероятна: в тюркских языках нет близкого по звучанию слова со значением, которое легко перешло бы в прозвище. Также сомнительна связь с латинским «ponx» (такого слова в латыни нет). Наиболее правдоподобное объяснение — марийское «понго» (гриб) с адаптацией через русское просторечие.