Фамилия Пономапенко — украинская по происхождению, образованная по типичной для восточных и южных регионов Украины модели. В её основе лежит профессиональное прозвище Пономарь, но с характерным суффиксом -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок»: Пономапенко буквально — «сын пономаря».

Ключевая особенность этой фамилии — редкое сочетание основы «пономарь» с суффиксом -енко. Обычно от этого слова образовывали фамилии Пономарёв (русская модель) или Пономаренко (стандартная украинская). Вариант Пономапенко встречается реже и, скорее всего, возник в говорах, где слово «пономарь» произносили с мягким «р» — «пономарь», отсюда и переход в «пономап». Это не ошибка записи, а отражение живой речи: в украинских диалектах замена «р» на «п» перед гласным нередка (сравните «поп» вместо «поп» в некоторых говорах не фиксируется, но мягкий звук мог дать такой результат).

Таким образом, предки носителя фамилии Пономапенко были церковнослужителями низшего ранга — пономарями. В иерархии храма пономарь отвечал за порядок в алтаре, звонил в колокола, помогал священнику при службе. Должность была наследственной, и дети пономарей часто получали фамилию по отцовскому занятию. Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черниговщине, где суффикс -енко особенно распространён, а мягкое произношение корня могло закрепиться под влиянием местных говоров.

Попытки связать фамилию с греческим словом «понома» (название части литургии) или с личным именем Пономап маловероятны: в основе лежит именно церковная должность, а не имя. Фамилия недвусмысленно указывает на социальный слой — потомственных церковнослужителей, выходцев из духовного сословия.