Фамилия Пономаева — женская форма фамилии Пономаев, а та, в свою очередь, образована от прозвища Пономай. В основе лежит слово «пономарь» — церковнослужитель низшего чина, который помогал при богослужении: звонил в колокола, зажигал свечи, подавал кадило. В русском языке слово «пономарь» произошло от греческого «парамонарь» (приставленный, сторож), и в народе его часто переделывали на свой лад — отсюда и форма Пономай.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Пономаев — сын пономаря, то есть человек, чей отец служил в церкви. Такие фамилии были широко распространены в среде духовенства и крестьян, живших рядом с храмами. В отличие от фамилий на -ов или -ин, суффикс -ев ставится после мягких согласных или звука «й», поэтому основа Пономай дала именно Пономаев, а не Пономаров.

Интересно, что фамилия Пономаев и её варианты (Пономарёв, Пономаренко, Пономарчук) встречаются по всей России, но Пономаев чаще фиксируется в центральных и южных регионах, особенно в Поволжье. По данным переписей, в XIX веке в Саратовской и Самарской губерниях было немало крестьян с этой фамилией — вероятно, потомков тех самых пономарей, которые после отмены крепостного права переходили в другие сословия.

Стоит различать Пономаеву и более частую фамилию Пономарёва. Разница в ударении и написании: Пономаев образован от прозвища Пономай, а Пономарёв — напрямую от слова «пономарь» с суффиксом -ёв. В некоторых говорах «пономай» звучало как «пономарь», и фамилии могли смешиваться, но в документах разделение сохранялось. Если ваши предки — Пономаевы, скорее всего, они из тех мест, где слово «пономарь» произносили с мягким окончанием.