Фамилия Пономарев принадлежит к числу так называемых «профессиональных» фамилий, то есть образованных от названия ремесла или церковной должности. В основе лежит слово «пономарь» — служитель православной церкви, в обязанности которого входило чтение молитв, пение на клиросе, помощь священнику во время службы и уход за алтарем. Пономари не входили в состав духовенства, а относились к церковнослужителям, то есть к низшему звену причта.

Фамилия Пономаев — это одна из форм, возникшая из того же корня, что и более распространенная Пономарев. Разница в суффиксе: -ев против -ов. В русской ономастике фамилии на -ев часто образовывались от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «й»: пономарь → Пономарев (суффикс -ев). Однако в ряде говоров и при быстром произношении конечный мягкий звук мог редуцироваться, и фамилия записывалась как Пономаев — без второго «р» и с усечением. Таким образом, Пономаев — это не ошибка, а диалектный или орфографический вариант, закрепившийся в документах.

Модель образования проста: к основе «пономарь» добавили притяжательный суффикс -ев, который в древности означал «сын пономаря» или «принадлежащий пономарю». Со временем фамилия утратила прямую связь с профессией и стала наследственной. В отличие от фамилий на -ский (дворянских или семинарских), Пономаев — типично крестьянская или мещанская фамилия, распространенная в северных и центральных губерниях России, где пономари были многочисленны.

Интересно, что фамилия Пономаев встречается реже, чем Пономарев, но при этом не является единичной. В переписях XIX века, например, в Вологодской и Архангельской губерниях, можно найти обе формы. В некоторых случаях вариант без «р» мог возникнуть из-за того, что в местном говоре слово «пономарь» произносили как «пономай» — с заменой конечного «рь» на «й». Это лишний раз подтверждает, что фамилия живет по законам устной речи, а не только письменной нормы.