Оно ведет свое начало от нарицательного «пономарь» - «прислужник в церкви, не имеющий духовного сана». Пономарь зажигает свечи, готовит кадило, прислуживает в алтаре и звонит в колокола. В древней Церкви пономарь был обязан неотлучно пребывать при священных местах, например, в Вифлеемской пещере, где родился Спаситель, на Голгофе, как для охраны их от святотатства, так и для оказания различных услуг паломникам. Со временем к обязанности пономаря было отнесено чтение и пение за богослужением, принесение в алтарь просфор, вина, воды, ладана, приготовление и подача священнослужителям кадильницы и теплоты, призывание верующих к богослужению колокольным звоном и, наконец, уборка храма и алтаря. С конца XIX века в Русской Церкви термин используется неофициально — назначение на должность пономаря разрешается настоятелем храма без письменного приказа. Обязанности пономарей разделены между звонарями, певчими, алтарниками и псаломщиками (чтецами). Одно из первых упоминаний родственной фамилии в письменных источниках относится к первой половине XVII века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Пономарев Олимпий, посадский человек, 1618 г., Вологда.