Фамилия Пономарев — одна из тех русских фамилий, которые прямо указывают на занятие предка. Она образована от прозвища Пономарь, а то, в свою очередь, от нарицательного «пономарь» — так в старину называли церковного служителя. В его обязанности входило зажигать свечи, готовить кадило, прислуживать в алтаре и звонить в колокола. Слово пришло из греческого языка, где «парамонарь» означало сторожа или привратника: пономарь должен был неотлучно пребывать при священных местах, например, в Вифлеемской пещере, где родился Спаситель, или на Голгофе, охраняя их от святотатства и оказывая услуги паломникам.

Со временем круг обязанностей расширился. К колокольному звону и охране добавились чтение и пение за богослужением, принесение в алтарь просфор, вина, воды и ладана, приготовление кадильницы и теплоты для священнослужителей, а также уборка храма и алтаря. В народной речи слово искажалось по-разному: в одних говорах звучало как «подмарь» или «подомарь», в украинском языке и южных русских говорах — «паламар» или «паламарь». Древнерусская форма «парамонарь» дала и вариант «парамарь». Эти диалектные различия породили и родственные фамилии: Паламаренко, Паламарчук, Подомарев.

Прозвище Пономарь закреплялось за человеком как самое употребительное именование, подчеркивая его принадлежность к церковной службе. Потомки такого человека со временем получали фамилию Пономарев. В документах XVI–XVII веков таких записей немало: Ивашко Пономарев, старожидец, 1523 год; Гришко Ярефеев, сын Пономарек, тюменский житель, 1687 год; Ананья Андреев Пономарев, земский судья в Верхотурье, 1665 год; Арешка Пономарек, невельский крестьянин, 1654 год. Одно из первых упоминаний в письменных источниках относится к 1618 году: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан посадский человек Олимпий Пономарев из Вологды.

Фамилия не была закреплена за одним сословием. Её носили и крестьяне, и посадские люди, и дворяне. Дворянский род Пономаревых внесен в родословные книги Черниговской, Тверской, Киевской и других губерний, а герб рода — в XI и XIX части «Общего гербовника дворянских родов Всероссийской империи». Среди известных носителей — Антон Трофимович Пономарев (1744–1819), купец первой гильдии и городской голова Перми в 1799–1802 и 1808–1809 годах; Владимир Федорович Пономарев (1860–1927), морской офицер, генерал-лейтенант флота, участник Цусимского сражения; Виталий Васильевич Пономарев (р. 1939), актер театра и кино, народный артист РСФСР.

Словообразовательная модель проста: к основе Пономарь добавили типичный для русских фамилий суффикс -ев, обозначающий принадлежность. Так что Пономарев буквально означает «сын пономаря». Это типичный пример «профессиональной» фамилии, каких много в русском ономастиконе: Попов, Дьяконов, Старостин. Разница лишь в том, что должность пономаря была самой низшей в церковной иерархии, а потому фамилия встречается часто и в самых разных слоях общества — от крестьян до дворян, что делает её хорошим примером того, как одно прозвище могло разойтись по всей стране.