Фамилия Пономарюк — яркий пример украинской модели образования фамилий от названия церковной должности. В её основе лежит слово «пономарь» (или «паламарь») — так называли служителя, который помогал священнику в алтаре, следил за свечами, чистил подсвечники и звонил в колокола. Должность была низшей в церковной иерархии, но для крестьянской среды — заметной и узнаваемой. Пономарь часто был грамотным, что выделяло его среди односельчан.

Суффикс -юк — типичный украинский патронимический показатель, указывающий на «сына» или «потомка» (как белорусский -еня, польский -ак). Соответственно, Пономарюк — это «сын пономаря». Если бы фамилия сложилась в русской среде, она звучала бы как Пономарёв, а в белорусской — Паламаренко или Пономаренко. Украинский вариант с суффиксом -юк особенно распространён на западе Украины — в Волынской, Ровенской, Житомирской областях, а также в соседних районах Полесья.

Интересно, что в основе лежит греческое слово «парамонарий» — «приставленный, сторож». Через церковнославянский язык оно дало форму «пономарь», а в народном произношении нередко звучало как «паламарь». Отсюда же возникали фамилии-дублёры: Паламар, Паламарчук, Паламаренко. Пономарюк — один из вариантов, где сохранилась более книжная, «церковная» огласовка корня.

Сословно фамилия не даёт точных указаний: пономарями могли быть как свободные крестьяне, так и выходцы из духовного сословия, но чаще всего — дети самих пономарей, которые наследовали должность отца. В XIX веке фамилия Пономарюк фиксируется в метрических книгах Волынской и Киевской губерний, а после переселенческих волн конца XIX — начала XX века встречается уже в Сибири и на Дальнем Востоке, куда уезжали малоземельные крестьяне.

Сегодня фамилия остаётся узнаваемо украинской, хотя её носители живут по всей России, в Беларуси и в странах дальнего зарубежья. В отличие от массовых Пономарёвых, Пономарюк — более редкая и географически привязанная фамилия, которая прямо говорит о предке, служившем в церкви, но не имевшем священнического сана.