Фамилия Пономарский — из тех, что выдают профессию предка так же прямо, как Кузнецов или Мельников. Её основа — слово «пономарь». Это церковнослужитель низшего чина, в обязанности которого входило помогать священнику во время службы: звонить в колокола, подавать кадило, зажигать свечи, сторожить храм. Должность невысокая, но в дореволюционной России пономари составляли значительную часть приходского духовенства, и фамилии от этого слова встречаются повсеместно.

Суффикс -ский — типичный для фамилий духовенства и дворянства, но в данном случае он, скорее всего, не указывает на принадлежность к шляхте. В среде семинаристов и причетников фамилии на -ский нередко давали искусственно, по названию должности или храма, заменяя более простонародные варианты вроде Пономарёв. Пономарский могла возникнуть как «улучшенная» версия, когда при записи в духовное училище грубоватое прозвище облагораживали книжным окончанием.

Географически фамилия не привязана к одной местности: её можно встретить и в центральных губерниях России, и на Украине, и в Белоруссии. Однако в польском и западноукраинском варианте ударение часто смещается на второй слог — Понома́рский, а в русском языке закрепилось ударение на последний слог: Понома́рский, хотя встречаются и варианты с ударением на «о».

Слово «пономарь» пришло в русский из греческого (παραμονάριος — «приставленный для охраны»), а в народной этимологии его часто переосмысляли, связывая с глаголом «пономарничать» — то есть делать что-то суетливо и мелко. Но для носителя фамилии Пономарский это не имеет значения: его предок — человек, который десятилетиями стоял в притворе с кадилом и звонарной верёвкой, не приближаясь к алтарю, но без которого церковная служба не начиналась.