Оно ведет свое начало от нарицательного «пономарь» - «прислужник в церкви, не имеющий духовного сана». Пономарь зажигает свечи, готовит кадило, прислуживает в алтаре и звонит в колокола. В древней Церкви пономарь был обязан неотлучно пребывать при священных местах, например, в Вифлеемской пещере, где родился Спаситель, на Голгофе, как для охраны их от святотатства, так и для оказания различных услуг паломникам. Одно из первых упоминаний родственной фамилии в письменных источниках относится к первой половине XVII века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Пономарев Олимпий, посадский человек, 1618 г., Вологда.