Фамилия Пономарь прямо отвечает на вопрос, кем был её первый носитель: в основе лежит нарицательное «пономарь» — церковный прислужник, не имеющий духовного сана. В его обязанности входили вполне земные дела: зажигать свечи, готовить кадило, прислуживать в алтаре и звонить в колокола. Однако за этим прозвищем стоит и более древний смысл: в ранней Церкви пономарь должен был неотлучно находиться при священных местах — например, в Вифлеемской пещере, где родился Спаситель, или на Голгофе. Он охранял эти места от святотатства и помогал паломникам, так что должность соединяла хозяйственную расторопность с особым доверием.

Слово пришло в русский язык из греческого, где означало «приставник», «попечитель». В бытовой речи прозвище Пономарь легко закрепилось за человеком, который служил в церкви, а затем перешло в фамилию. Форма без суффикса — Пономарь, а не Пономарев — характерна для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где прозвища нередко оставляли в чистом виде. Такой тип фамилий встречается реже, чем патронимические на -ов/-ев, и часто указывает на западное или южное происхождение рода.

Родственная фамилия Пономарев фиксируется в письменных источниках уже в первой половине XVII века. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упомянут Пономарев Олимпий, посадский человек, запись 1618 года из Вологды. Это одно из ранних свидетельств того, что прозвище давно переросло в наследственное имя. Сама же фамилия Пономарь в документах встречается позже, но её основа старше: она уходит в ту же среду церковнослужителей и их детей, которых по отцу называли Пономарями.

Интересно, что фамилия не обязательно означает, что предок всю жизнь прослужил в алтаре. Прозвище могли дать и за сходство с пономарём — например, за манеру говорить нараспев или за суетливую деловитость. Но основная версия остаётся самой простой и правдоподобной: предок носителя фамилии действительно нёс это послушание при храме.