Фамилия Пономарцева — яркий пример «профессиональной» фамилии, образованной от названия церковной должности. В основе лежит слово «пономарь» (в диалектах — «пономар»), так называли служителя в православном храме, в чьи обязанности входило звонить в колокола, подавать кадило, зажигать свечи и следить за порядком в алтаре. Это была низшая ступень церковного клира, должность доступная и не требовавшая специального образования, поэтому пономари встречались в каждом приходе.

Модель образования фамилии необычна для женского варианта. Перед нами не просто окончание -а, указывающее на женщину, а полная форма Пономарцева, которая в русской традиции могла принадлежать замужней женщине или вдове. Мужской вариант — Пономарцев, и он образован по типичной патронимической модели: от прозвища Пономарь через притяжательное прилагательное с суффиксом -ев (после мягкого «р»). То есть Пономарцев — это буквально «сын пономаря» или «человек, связанный с пономарём».

Интересно, что фамилия Пономарцев (и её женская форма) имеет несколько вариантов написания и произношения, закрепившихся в разных регионах. В северных и центральных губерниях, где звук «ц» в слове «пономарь» был более твёрдым, фамилия звучала как Пономарцов. На юге и в Поволжье, где «пономарь» произносили мягче, закрепился вариант Пономарцев. Сама фамилия Пономарцева — одна из самых распространённых среди «церковных» фамилий, уступая разве что Попову и Дьяконову.

Родственными по корню и смыслу являются фамилии Пономарёв, Пономаренко (украинская), Пономарчук (белорусская) и Пономарский. Но Пономарцева стоит особняком: суффикс -ев в сочетании с основой на -арь даёт редкую для русского языка модель, которая встречается у фамилий, образованных от названий профессий с мягким окончанием (сравните: Звонарёв, Пекарев). Таким образом, предки носительницы фамилии Пономарцева с высокой вероятностью были либо сами церковнослужителями-пономарями, либо их детьми, и фамилия закрепилась за семьёй в той местности, где слово «пономарь» произносили с мягким «р».