Фамилия Понтилимонов — редкий случай, когда в основе лежит не прозвище, не профессия и не крестильное имя, а географическое название с двойной этимологией. Перед нами типичная «семейная» фамилия на -ов, но её корень заставляет задуматься.

Словообразовательная модель проста: основа Понтилимон- плюс патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Понтилимона). Значит, предка звали Понтилимоном. Но что это за имя? Здесь и начинается главная загадка.

Первая и наиболее правдоподобная версия: Понтилимон — это искажённое греческое Понтили́мон (Ποντηλίμων). В греческой ономастике известна фамилия Понтили́мос, образованная от названия местности Понтили́мон на острове Крит. Если предок носителя фамилии был греком (понтийским или критским), переселившимся в Россию, то его фамилию могли русифицировать, добавив окончание -ов. В этом случае Понтилимонов — это «сын человека из Понтилимона».

Вторая версия, менее вероятная, но встречающаяся в любительских генеалогиях: связь с латинским pontus (море) и греческим λίμων (луг, пастбище). Якобы «морской луг» — прозвище рыбака или пастуха на побережье. Однако эта гипотеза не подтверждается ни одним серьёзным ономастическим словарём (ни Унбегаун, ни Никонов, ни Веселовский подобных корней не разбирают). Скорее всего, это народная этимология — красивая, но ложная.

Третья, совсем экзотическая версия: фамилия могла возникнуть из церковного имени Пантелеимон (в просторечии Понтелеимон, Понтилимон). В русских говорах звук [л] легко вставлялся между согласными (ср. «трамвай» — «транвай», но здесь обратный процесс). Однако документальных подтверждений такой трансформации нет, и связь с греческим топонимом выглядит убедительнее.

Географически фамилия почти не встречается. По открытым данным, несколько семей Понтилимоновых живут в Краснодарском крае и Ростовской области — регионах, где исторически селились греки. Это косвенно подтверждает первую версию.

Итак, скорее всего, Понтилимонов — фамилия греческого происхождения, образованная от названия местности. Её носители — потомки выходцев из критского селения Понтилимон, которые в XIX–XX веках обосновались на юге России.