Фамилия Понтин звучит по-латински, но по-русски строится по самой привычной модели: на -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность — «чей?» Понтин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Понта. Вопрос в том, откуда взялась основа.

Самый прямой путь — от географического названия. Понт — древнегреческое название Чёрного моря (Понт Эвксинский). В южнорусских и украинских говорах «понт» могло означать «море», а «понти́н» — человека, живущего у моря или пришедшего с побережья. Такая фамилия органична для Крыма, Причерноморья, Одесщины, Новороссии, где греческие и тюркские топонимы смешивались с русским бытом.

Есть и вторая, менее очевидная, но реальная версия. В польском и западнорусском просторечии «pont» — мост, а «ponton» — понтон, переправа. В таком случае Понтин мог быть прозвищем строителя мостов, перевозчика или солдата-понтонёра. Эта линия ведёт скорее к западным губерниям Российской империи, где фамилии на -ин часто образовывали от названий ремёсел.

Третья версия — антропонимическая. В святцах есть редкое мужское имя Понтий (от латинского pontius — «морской», но чаще связывают с римским родом Понтиев). В народном произношении Понтий легко переходил в Понта, а от него — Понтин. Тогда это патроним, то есть фамилия по крестильному имени, пусть и нечастому.

Таким образом, Понтин — фамилия, которая могла возникнуть в трёх разных средах: как прозвище черноморского жителя, как ремесленная кличка мостостроителя или как редкий патроним от забытого церковного имени. Географически её стоит искать на юге России и Украины, а также в западных областях, где пересекались польские и малороссийские говоры.