Фамилия Пондина — женская форма, а её мужской вариант — Пондин. Это типичная русская фамилия, образованная с помощью патронимического суффикса -ин, который в древности означал принадлежность: «чей?» — «Пондин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Понда.

Ключевой вопрос здесь — что такое «Понда». Самый прямой и правдоподобный путь ведёт к диалектному глаголу «пондить» или «пондаться». В северных и сибирских говорах это слово означало «упрямиться», «капризничать», «медлить», «делать что-то с ленцой и неохотой». Соответственно, Пондой могли прозвать медлительного, нерасторопного или, наоборот, упрямого и своенравного человека. Прозвища по характеру — один из самых распространённых источников русских фамилий, и эта версия не требует натяжек.

Вторая, менее вероятная гипотеза, выводит основу из географических названий. В России есть несколько мелких речек и ручьёв с названием Понда (например, в бассейне Северной Двины). В таком случае Пондиным могли называть пришлого человека с берегов этой реки — «пондский». Однако прозвища по рекам обычно давали по названию самой реки без уменьшительного суффикса -а (например, «Волга» → Волгин, а не «Волгин» от гипотетической «Волги»). Форма «Понда» для реки встречается редко и чаще является народным прозвищем самой реки, что возвращает нас к первому значению.

Таким образом, фамилия Пондина (Пондин) скорее всего происходит от прозвища, данного за характер или поведение. Её носители — потомки людей, которых в старину называли упрямцами или медлительными. Фамилия редкая, не входит в списки ста наиболее распространённых, что говорит о её локальном бытовании, вероятнее всего, в севернорусских регионах.