Фамилия Понюхов образована от прозвища Понюх, которое восходит к аналогичному нарицательному, имеющему значение «маленькая щепотка нюхательного табаку, достаточная на один прием». Вероятно, таким прозвищем нарекли человека, который любил нюхать табак. Так, предок обладателя фамилии Понюхов мог быть торговцем табачных изделий. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Понюх, со временем получил фамилию Понюхов.