Фамилия Панюхов — редкий случай, когда основа ясна, а вот суффикс вызывает вопросы. Если отбросить окончание -ов, остаётся корень Панюх-. В русских фамилиях такой основы почти нет, зато она хорошо известна в украинской и белорусской среде. Скорее всего, Панюхов — это русифицированная форма украинской или белорусской фамилии Панюх, к которой добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов. Выходит, что предок носителя этой фамилии был просто Панюх, а его потомки стали Панюховыми.

Само прозвище Панюх образовано от имени Пантелеймон (в народном сокращении Паня, Панько, Панюта) или от Панкратий (Паня, Панюха). Уменьшительно-ласкательный суффикс -юх- (как в словах «тётюх», «дядюх») в прозвищах встречается в южнорусских и малороссийских говорах. Он придавал имени оттенок фамильярности или даже насмешливой ласки. То есть Панюх — это что-то вроде «Паня, наш парень», а не официальное имя.

Менее вероятна, но не исключена версия от прозвища, связанного с глаголом «панюхать» — понюхать. В некоторых диалектах «панюха» могли назвать человека с обострённым обонянием или, наоборот, неряху, который всё нюхает. Но эта версия слабее: фамилии от глаголов в такой форме редки, а от имён собственных — обычное дело.

Географически фамилия Панюхов тяготеет к югу России и Украине. В дореволюционных списках она встречается в Курской, Воронежской губерниях, а также среди казачества. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: дворянские роды с таким окончанием почти не фиксируются. Если ваш предок — Панюхов, ищите его корни в тех краях, где Пантелеймонов и Панкратиев называли Панюхами.