Фамилия Панюхко звучит как типичная украинская или белорусская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Её выдает суффикс -ко, который в восточнославянских языках (прежде всего в украинском) часто выполнял роль уменьшительности или указывал на принадлежность: «чей-то сын», «маленький». В данном случае модель образования простая: к основе Панюх- добавляется фамильный суффикс -к(о).

Основа Панюх- — это производная от личного имени Пантелей или Панфил. В русской и украинской традиции эти имена в быту сокращали до Паня, Панюха. Суффикс -юх- в украинском языке придает прозвищу или имени ласкательный, а иногда ироничный оттенок. То есть Панюхко — это буквально «маленький Паня» или «сын Пани». В некоторых говорах слово «панюха» могло означать «баловень», «изнеженный человек» (от «пан» — господин), но в основе фамилии скорее лежит именно крестильное имя.

Географически фамилия Панюхко почти наверняка происходит с территории современной Западной Украины или юга Беларуси. Суффикс -ко там особенно распространен, и такие фамилии часто не меняли окончания при переносе в русский язык (в отличие от фамилий на -енко, которые могли русифицироваться). Если бы фамилия была великорусской, она звучала бы как Панюхин или Панюхов.

Социальный статус предков-носителей, скорее всего, был крестьянским или казачьим. Фамилии на -ко в XVII–XVIII веках массово фиксировались в реестрах запорожских казаков и в переписях населения Гетманщины. Никакого дворянского или боярского происхождения у Панюхко, скорее всего, нет — это фамилия простого человека, которую дали по отцу или по уличному прозвищу.

Интересная деталь: написание через «ю» после «н» (Панюхко, а не Панухко) указывает на мягкое произношение. В украинском языке это нормально, а в русском могло бы быть «Панухко», но фамилия сохранила исходную орфографию. Это еще один аргумент в пользу того, что фамилия украинская, а не русифицированная.