Фамилия Панюхин образована от имени Панюха. На первый взгляд оно звучит как прозвище, но на самом деле это уменьшительная форма крестильного имени Пантелеймон, а иногда — Панфил или Панкратий. В народной речи имя Пантелеймон сокращали до Паня, а от него уже шли ласкательные варианты: Панюта, Панюха, Панюша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Панюхин значит «сын Панюхи» или «человек из семьи Панюхи».

Фамилия довольно редкая. Её ареал — преимущественно центральные и северные области России. Встречается в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях, где такие «усечённые» формы имён были особенно распространены в крестьянской среде. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с именем Панюха — это был не обидный, а обычный бытовой вариант.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов, которые часто образовывались от полных имён или прозвищ на согласный, Панюхин принадлежит к более архаичному типу на -ин. В древнерусской традиции так оформляли фамилии от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Поэтому Панюхин — не столько «сын Пантелея», сколько «сын Панюхи», что передаёт более личное, внутрисемейное обращение.

Спорных версий происхождения у этой фамилии почти нет. Иногда её путают с украинской фамилией Панюха (с ударением на второй слог), где корень может быть связан с глаголом «панюхати» — нюхать. Но для русской фамилии Панюхин такое объяснение натянуто: ударение в исходном имени Панюха падает на первый слог, и значение остаётся чисто антропонимическим, без прозвищного подтекста.

Таким образом, Панюхин — фамилия, которая прямо говорит о предке: его звали Панюха, домашнее сокращение от церковного имени. Никакой тайны, но зато ясная и живая связь с русской ономастической традицией.