Фамилия Панюхова — редкий случай, где географический ключ важнее прозвищного. Разберёмся по порядку.

Основа фамилии — имя Панюха. В русской ономастике это не оскорбительное прозвище, а народная форма крестильного имени Пантелеймон или Панфил (от греческого «пан» — «всё»). Суффикс -юх- характерен для северных и сибирских говоров: так образовывали ласкательные или обиходные варианты имён (Матюха от Матвей, Федюха от Фёдор). Панюха, соответственно, — «Пантелеймончик», «Панфилка».

Но есть вторая, более точная версия, которую поддерживают региональные словари. В архангельских и вологодских говорах «панюха» — это пихта, хвойное дерево. Лесоруба или смолокура, жившего в пихтовом бору, могли прозвать Панюхой. Фамилия Панюхов (и Панюхова) встречается почти исключительно на Русском Севере — в бывшей Вологодской губернии, в Поморье, в бассейне Северной Двины. Это не случайность: модель образования фамилий от названий деревьев с суффиксом -юх- (Берёзюхин, Елюхин) — местная, архаичная.

Фамилия женского рода Панюхова — это форма по отцу: «дочь/жена Панюхова». Мужской вариант — Панюхов. Суффикс -ов указывает на принадлежность, так что первый носитель мужского рода был, скорее всего, Панюха — либо человек по имени Пантелеймон, либо лесник, живший у пихтового леса.

С точки зрения сословного состава Панюховы — почти поголовно государственные крестьяне и мещане северных уездов. Дворянской ветви не зафиксировано. В XIX веке фамилия встречается в метрических книгах Шенкурского, Тотемского и Вельского уездов. Носительницы фамилии Панюхова и сегодня чаще всего живут в Архангельской и Вологодской областях.

Итог: не ищите в этой фамилии прозвища «панюха» в грубом смысле — его там нет. Перед вами или ласковый вариант церковного имени, или северное прозвание по дереву. Оба корня — местные, северорусские, и оба ведут в одни и те же края.