Фамилия Панюхно хранит память о личном имени, из которого она выросла. В её основе лежит старинное русское имя Панюхно — так в быту могли называть человека, носившего одно из крестильных имён, начинающихся на «Пан-». Чаще всего это Павел: в переводе с латинского «маленький», а имя Панюхно — одна из его просторечных, уменьшительных форм. Но круг возможных первоисточников шире. Панюхно могло образоваться и от Пантелеймона (греческое «всемилостивый»), и от Панкрата («всемогущий»), и от Панфила («всеми любимый»). Все эти имена в народной среде давали схожие производные, поэтому без точных родословных записей нельзя утверждать, какое именно имя выбрали предки конкретной семьи Панюхно.

Сама фамилия застыла в форме имени-прозвища, без типичного для большинства русских фамилий суффикса -ов или -ин. Это указывает на украинское или южнорусское происхождение: на тех землях фамилии нередко оформлялись напрямую из уменьшительных имён. Так Панюхно из личного прозвания превратилось в наследственное семейное имя, которое передавалось из поколения в поколение без изменений. Носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или казачьей среды, где такие формы имён были особенно распространены.

Любопытно, что звучание фамилии сохранило архаичную народную огласовку. Подобные образования — Панюта, Панютин, Панюков — встречаются в исторических документах начиная с XVII века. Но Панюхно выделяется своим окончанием: оно сообщает фамилии отчётливый региональный колорит, отсылающий к говорам Украины и юга России. Сегодня фамилия редкая, и её носители разбросаны по разным регионам, но каждый из них несёт в памяти имя далёкого предка, которого когда-то окликнули ласково — Панюхно.