Фамилия Панюхно представляет собой застывшую форму имени Панюхно — производной формы имени Павел, которое в переводе с латинского означает «маленький». Также не исключено, что имя Панюхно является производной формой имени Пантелеймон (от греческого «всемилостивый»), Панкрат (от греческого «всемогущий») или Панфил (от греческого «всеми любимый»).