Фамилия Попеня напрямую говорит о родстве со священником. Её основа — слово «поп», то есть православный священник, а суффикс -еня придаёт основе уменьшительно-ласкательный оттенок. Поэтому в большинстве случаев Попеней называли сына попа. Такое именование закреплялось за человеком в быту, а затем переходило к его детям уже как фамилия.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная. Суффикс -еня в русских фамилиях встречается нечасто, и это делает фамилию заметной. Он родствен суффиксам -оня и -уня, которые тоже образовывали семейные прозвища. Если бы сына священника звали иначе, мы бы получили фамилии Попов или Попков — они куда распространённее. А вот Попеня сохранила именно ту форму, которую использовали в живой речи, когда хотели назвать человека ласково или по-свойски.

Изначально прозвище Попеня не было официальным именем. Так, скорее всего, говорили о мальчике или молодом человеке, чей отец служил в церкви. Со временем это прозвище закрепилось за семьёй и перешло в разряд фамилий. Подобная практика — называть человека по отцу через уменьшительный суффикс — хорошо известна в русской ономастике. В словаре Б. Унбегауна, посвящённом русским фамилиям, разбираются похожие случаи, когда церковные термины становились основами для семейных прозваний.

Стоит оговориться: нельзя полностью исключать, что в редких случаях прозвище Попеня могло иметь ироничный оттенок. Так могли поддразнить человека, который вёл себя важно или пытался поучать других, словно священник. Но эта версия менее вероятна. Основное значение всё же связано с прямым родством: Попеня — это сын попа.

Фамилия довольно редкая, она не получила массового распространения по всей России. Чаще всего такие формы встречаются в западных и южных регионах, где живые уменьшительные формы имён и прозвищ сохранялись дольше. Точной географии по фамилии Попеня нет в открытых источниках, но по аналогии с похожими фамилиями можно предположить, что её носители рассеяны по разным областям, и в каждом регионе история семьи может отличаться.

Известных исторических личностей с этой фамилией в справочниках не зафиксировано, что неудивительно для редкого семейного имени. Зато сама фамилия хорошо показывает, как в одном слове уместилась целая социальная характеристика: происхождение из семьи духовенства, возраст или положение (сын), и тёплое отношение окружающих.