Фамилия Попылыш — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Корень здесь не «поп», как может показаться на первый взгляд, а скорее всего связан с диалектным словом «попылыш» или однокоренными «попылить», «попыл». В русских говорах «попылить» означало «взбить пыль», «поднять пыль столбом», а «попылыш» — тот, кто это делает, или же нечто пыльное, мутное. Прозвище могли дать человеку неопрятному, ходящему в пыли, либо, наоборот, слишком суетливому, «пыль поднимающему» без дела.

Суффикс -ыш- в русских фамилиях редок и характерен скорее для прозвищ, перешедших в фамилии без дополнительного оформления (как Малыш, Голыш). Фамилия Попылыш — это, по сути, застывшее прозвище. Окончание нулевое, фамилия склоняется как существительное мужского рода второго склонения (Попылыша, Попылышу). Такая модель образования типична для украинской и южнорусской антропонимии, где фамилии на -ыш встречаются чаще, чем на севере.

Версия о связи с церковным «попом» маловероятна: тогда фамилия звучала бы как Попов, Попович или, в крайнем случае, Попыльский. Форма Попылыш не вписывается в стандартные модели отчества от «поп». Скорее всего, перед нами прозвище, данное по поведению или внешнему виду. Первые носители фамилии могли проживать на территории современной Украины или в южных областях России, где активно бытовала экспрессивная лексика с суффиксом -ыш.

Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких близких родов. В дореволюционных источниках она не зафиксирована как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали метко и ёмко.