Фамилия Потохонова — редкий случай, когда географическое происхождение прослеживается почти однозначно, а вот корень слова вызывает споры. Если отбросить фантазии, то перед нами, скорее всего, бурятская или монгольская фамилия, русифицированная суффиксом -ов/-ева. Это типично для фамилий народов Сибири, которые попали в официальные документы Российской империи: местное имя или прозвище записывали на русский манер, добавляя окончание.

Основа «Потохон» может восходить к бурятскому слову «пото» или «потто», что означает «котёл» или «котелок». В таком случае Потохон — уменьшительно-ласкательная форма, что-то вроде «Котельничек». Прозвище могли дать человеку, который делал котлы, торговал ими или просто обладал круглой, плотной фигурой, напоминавшей котёл. В монгольских языках есть и слово «бөөтө» — «шаманский», но для версии с «котлом» больше лингвистических оснований, так как звук «п» в начале слова характерен для некоторых диалектов.

Вторая, менее вероятная версия выводит фамилию из тюркских языков. «Потох» могло быть вариантом имени или прозвища, связанного с глаголом «пот» — «кончать, прекращать». Однако для тюркского ареала такая модель (с конечным -х) нетипична, и в Сибири бурятское влияние перевешивает.

Суффикс -онов/-онова в фамилии — это не русский суффикс «-он-», а адаптация бурятского окончания, которое в оригинале звучало как «-ай» или «-хан». При записи в метрических книгах его заменили на привычное русское -ов. Поэтому форма Потохонова — женская, мужская будет Потохонов. Носители фамилии встречаются в основном в Забайкалье, Бурятии и Иркутской области, что подтверждает её региональную привязку.

Сословно предки Потохоновых, скорее всего, были бурятскими скотоводами или охотниками, получившими фамилию при крещении или при переписи. Дворянских корней у этой фамилии нет — она из тех, что несут память о быте и языке сибирских народов, а не о столичных родословных книгах.