Фамилия Прежеников — одна из тех, что ставит исследователя в тупик своей прозрачностью: корень «преж-» кажется очевидным, но не даёт прямого ответа. Чаще всего её объясняют через прозвище Преженя, которое могло указывать на человека, живущего «по-прежнему», то есть консервативного, приверженного старым порядкам или не меняющего привычек. Однако в русских говорах существовало и другое значение — «прежний» в смысле «бывший, прежний владелец» или даже «предыдущий муж» (вдовец или разведённый). Так что прозвище могло закрепиться за человеком, которого в селе знали как «того самого прежнего хозяина» или «прежнего зятя».

Суффикс -иков указывает на патронимическую модель: Прежеников — буквально «сын Прежени». Сама основа Преженя — это усечённая форма от имени или прозвища с суффиксом -еня (как Косеня от Косой, Поздняк от Поздний). Такие уменьшительные формы в XVI–XVII веках были типичны для северных и центральных областей России, особенно в новгородских и вятских землях. Географически фамилия встречается редко, но её следы можно найти в переписях Вологодской и Архангельской губерний, что косвенно подтверждает северное происхождение модели.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду с Прежневым, Прежниковым, но Прежеников интересна именно формой на -еня, которая выводит на первый план не столько качество («прежний»), сколько прозвище-характеристику. Если бы корень был связан с ремеслом или местом, мы бы увидели суффиксы -ев или -ский. Здесь же — чисто бытовое, даже семейное прозвище, которое могло закрепиться за родом, где старшего сына или отца называли «Преженей» в отличие от младших.

Версия о связи с церковным именем «Прежен» (гипотетическая греческая калька) не подтверждается ни святцами, ни ономастическими словарями. Поэтому наиболее правдоподобное объяснение — прозвище, данное по поведению или семейному положению, а фамилия — просто «потомок того самого прежнего».