Фамилия Прибышеня — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание необычным окончанием. В русских фамилиях суффикс -еня встречается редко, но он характерен для белорусской и западнорусской ономастики. Чаще всего такие фамилии образованы от прозвищ или личных имён с уменьшительно-ласкательным оттенком: например, Прибыш, Прибыша — от глагола «прибыть» или имени Прибыслав. То есть Прибышеня могло означать «маленький Прибыш» или «сын Прибыша». Это типичная модель для фамилий на -еня, -оня, -уня в Беларуси и на Смоленщине.

Основа фамилии — «прибы-» — напрямую связана с древнерусским «прибыти» (прибавиться, умножиться). В старину имя или прозвище Прибыш давали ребёнку, рождённому в семье, где уже были дети, как бы «прибавлению» к роду. Иногда так называли позднего, долгожданного ребёнка. Встречается и версия, что прозвище мог получить расторопный, удачливый человек, который «прибывает» в достатке или деле. В любом случае, смысл положительный — приращение, успех.

Географически фамилия Прибышеня тяготеет к западным областям России и востоку Беларуси. Встречается в Смоленской, Брянской, Псковской губерниях, а также на Витебщине и Могилёвщине. Это подтверждается и современными данными: носители фамилии чаще всего живут именно в этих регионах, а также в Москве и Санкт-Петербурге как результат миграции XX века.

По сословному составу предки Прибышеня, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -еня редко встречались у дворянства — они возникали в народной среде, часто как уличные прозвища, которые затем закреплялись в документах. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века такую фамилию можно найти среди государственных крестьян западных губерний.

Интересно, что фамилия Прибышеня сохранила архаичную форму, не перешедшую в более распространённые модели на -ов или -ин. Это говорит о том, что она закрепилась в письменных источниках относительно поздно, уже в XIX веке, когда церковь и администрация фиксировали фамилии «как слышали». Поэтому написание могло колебаться: встречаются варианты Прибышеня, Прибышоня, Прибышень. Но современная норма — через «е» после шипящего.