Фамилия Прочухаева — редкий пример, в котором фамильный суффикс -ев скрывает нестандартную для русской модели основу. Вопреки ожиданию, здесь не женская форма от Прочухаев, а прямое указание на принадлежность к роду, главу которого звали Прочухай. Такие фамилии на -ай (-ухай) в русском языке единичны и обычно носят прозвищный, а не крестильный характер.

Корень фамилии — глагол «прочухать», который в диалектах (прежде всего южнорусских и украинских) означал «прочихаться», а в переносном смысле — «очнуться, прийти в себя после болезни или сна». Прозвище Прочухай могли дать человеку, который долго приходил в себя, был медлительным, либо, наоборот, тому, кто часто чихал — поверье связывало чихание с правдой или сглазом. Менее вероятна, но возможна связь с «чухать» (чесать, скрести) — тогда Прочухай означал бы «прочёсывающий», то есть дотошный, въедливый.

Обращает на себя внимание отсутствие типичного для русских фамилий суффикса -ов: форма Прочухаев (а не Прочухов) указывает, что в основе лежит не краткое прилагательное, а личное прозвище с окончанием -ай. Такая модель характерна для украинской и белорусской ономастики (ср. фамилии Гуляй, Шугай), что позволяет предположить западнорусское или малороссийское происхождение рода. В XIX веке фамилия фиксируется в документах Курской и Воронежской губерний — на стыке великорусских и украинских говоров.

Сословная принадлежность носителей, судя по архивным данным, была преимущественно крестьянской или мещанской. Дворянских родов с такой фамилией не обнаружено — прозвище слишком просторечное для аристократической среды. Сегодня Прочухаевы встречаются редко, в основном в Центральном Черноземье и на юге России, что подтверждает диалектную природу основы.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия не имеет отношения ни к «чуду», ни к «прохождению» — это бытовое, живое прозвище, которое закрепилось за предком по одному из его характерных действий или состояний.