Фамилия Прочухан — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а глагол, причём с яркой экспрессивной окраской. Если фамилии вроде Иваненко буквально означали «сын Ивана», то здесь модель иная: Прочухан — это тот, кто «прочухал», то есть понял, разобрался, догадался. Перед нами не патроним, а прозвище по действию или характеру.

Слово «прочухать» в русских говорах имело несколько оттенков: от «прочистить, пробудить» до «уразуметь, смекнуть». Прозвище Прочухан могли дать человеку сметливому, сообразительному, который быстро схватывал суть дела. Возможен и другой, более ироничный вариант: так могли окликнуть того, кто долго «прочухивался», то есть раскачивался, но в итоге всё же доходил до нужного решения. Оба значения лежат в основе фамилии, и без знания контекста, в котором прозвище возникло, трудно сказать, какое из них точнее.

Сама фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к прозвищу на -ан добавили притяжательный суффикс -ов. Таким образом, Прочуханов — это «сын Прочухана», а форма Прочухан, закрепившаяся как фамилия, представляет собой «застывшее» прозвище без дополнительного суффикса. Такое явление встречается, но реже, чем полные формы на -ов или -ин.

География фамилии тяготеет к южнорусским и украинским землям, где глагол «прочухать» был особенно употребителен. В северных говорах он встречался реже, поэтому и фамилия там почти не фиксируется. В письменных источниках фамилия появляется поздно, что неудивительно: прозвища, связанные с внутренними качествами человека, часто оставались неофициальными дольше, чем прозвища по профессии или отцу.

Стоит упомянуть и о возможной связи с однокоренными фамилиями Прочуханов, Прочухин. Все они восходят к одному корню, но Прочухан — наиболее архаичная форма, сохранившая исходный вид прозвища. В этом её уникальность: она не обросла дополнительными суффиксами и доносит до нас живое слово, которое почти вышло из употребления в современном языке.