Фамилия Прочая — редкий случай, когда прозвище превратилось в фамилию практически без изменений, сохранив свою первоначальную форму. В отличие от большинства русских фамилий, которые образовывались с помощью суффиксов (-ов, -ин, -ский) от имени или занятия отца, фамилия Прочая застыла в виде прилагательного женского рода. Это сразу наводит на мысль, что перед нами не обычная патронимическая (по отцу) фамилия, а прозвищная, причем закрепившаяся в той форме, в какой её дали — возможно, в шутку или с долей иронии.

Самая прямая версия происхождения — от слова «прочий», то есть «иной, другой, остальной». В крестьянской среде или в среде ремесленников такое прозвище мог получить человек, который не вписывался в общий ряд. Например, в семье, где все сыновья пошли по отцовскому ремеслу (кузнецы, плотники), а один занялся чем-то иным, его могли называть Прочим. Либо это был человек, которого постоянно путали с тёзкой, и в итоге за ним закрепилось: «Ну, это не тот, это — прочий». В документах XVII–XVIII веков, когда фамилии только начинали оформляться, такие прозвища записывали со слов крестьян, не меняя окончания.

Есть и менее очевидная, но правдоподобная версия, связанная с написанием. В старых рукописях буква «ч» могла читаться и как «ц», особенно в южнорусских и белорусских говорах. Не исключено, что Прочая — это искажённое «Процая» или «Процкая», образованное от уменьшительного имени Проць (Прохор, Прокопий). Но эта версия слабее: фамилия Прочая встречается в основном в центральных и северных регионах России, где «ч» звучала твёрдо, а не как «ц».

Словообразовательная модель здесь нетипична. Обычно фамилии на -ая имеют окончание прилагательного и происходят от географических названий (Москва — Московская) или от прозвищ, перешедших в форму женского рода (например, Кудрявая). Но Прочая — не женская фамилия, а универсальная: она одинаково давалась и мужчинам, и женщинам. Это указывает на то, что прозвище не было уменьшительным или ласкательным, а носило описательный характер.

Если говорить о сословной принадлежности, то носители фамилии Прочая — почти наверняка выходцы из крестьян или мещан. В дворянских родах такие «говорящие» фамилии не приживались: там предпочитали более благозвучные формы на -ов или -ин. Поэтому искать аристократических предков с этой фамилией не стоит — это простонародная, живая метка, которую дали человеку, чтобы отличить его от остальных.