Фамилия Проинина — женская форма фамилии Проинин, и в её основе лежит прозвище или мирское имя Проня. Это краткая форма от одного из полных крестильных имён: Прокопий, Прокофий, Прохор или Протасий. В русской народной традиции такие сокращения были нормой: Прокопий превращался в Проню, а суффикс -ин указывал на принадлежность — «чей?» — «сын Прони», то есть потомок человека по имени Проня.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России, где отчества и фамилии на -ин широко распространены. Однако у фамилии Проинина есть одна особенность: двойное «н» в суффиксе. Это не опечатка и не редкий случай. Такое написание могло закрепиться в документах из-за того, что основа Прон- (от Проня) при добавлении суффикса -ин давала на стыке два «н»: Прон + ин = Пронин. Но в говорах, особенно в архангельских и вологодских, ударение на первый слог и редукция гласных могли приводить к тому, что на письме фиксировали Проинин — как бы «стягивая» первый слог. Вторая версия: в некоторых регионах существовало имя или прозвище Проин (например, от слова «проя» — «простак» или диалектного «проить» — «тратить, мотать»), и тогда фамилия образована от него.

Спор между версиями решается просто: если бы фамилия шла от Прони, то в старых переписях встречалась бы форма Пронин, а Проинина — её вариант, возникший из-за особенностей произношения. Если же исходное имя — Проин, то фамилия уникальнее, но менее вероятна: имя Проин ни в святцах, ни в распространённых именословах не зафиксировано. Поэтому надёжнее считать, что Проинина — это фонетический вариант фамилии Пронина, закрепившийся в конкретной семье или местности.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её связь с переселенческими потоками из северных губерний. Носители фамилии в XIX веке, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами — сословиями, где за фамилиями на -ин не стояло дворянского статуса, а лишь указание на отца или деда.

Никакой дополнительной символики или «тайного смысла» в фамилии нет. Она из тех, что прямо отвечает на вопрос: чей ты? — Пронин, то есть из рода Прони. Двойное «н» — просто особенность письменной фиксации, а не знак исключительности.