Фамилия Прохновская — это типичная «географическая» фамилия, образованная по модели, характерной для польской, украинской и белорусской шляхты, а затем и для русских дворянских родов. Суффикс -ск- указывает на связь с местностью: так называли тех, кто владел землей или происходил из населенного пункта с корнем Прохн-. В основе лежит топоним — скорее всего, название села Прохново или Прохновка. Такие названия, в свою очередь, восходят к личному имени Прохн — просторечной форме канонического имени Прохор (от греческого «предводитель хора»).

Вероятнее всего, первым носителем фамилии был помещик или шляхтич, чье имение именовалось Прохново или Прохна. В Речи Посполитой фамилии на -ский/-цкий были маркером благородного происхождения: их получали владельцы усадеб, а не крестьяне. Позже, после разделов Польши, такие фамилии вошли в состав российского дворянства, но нередко их давали и выходцам из духовенства — по названию прихода.

Окончание -ая в Прохновской — это русская адаптация женской формы. В польском варианте фамилия звучала бы как Prochnowska (с ударением на предпоследний слог), а мужская форма — Прохновский. В русской традиции фамилия закрепилась в женском роде, что встречается реже: обычно фамилии на -ский/-ская склоняются по падежам, но сама форма «Прохновская» подсказывает, что речь идет о женщине (например, дворянке или купчихе, записанной в документах).

География фамилии неширокая: основные следы ведут в западные губернии Российской империи — Могилевскую, Витебскую, а также на Волынь. В современной России фамилия встречается спорадически, чаще всего в центральных областях и на юге, куда переселялись выходцы из западных земель. Родственные фамилии — Прохнов, Прохновский, Прохненко — указывают на ту же основу, но с разными суффиксами, характерными для разных социальных слоев.

Что касается значения корня, то есть и вторая, менее вероятная версия: Прохн- могло быть прозвищем от глагола «прохнуть» (сохнуть, вянуть) или от диалектного «прохна» — нечто ветхое, худосочное. Но для фамилии с суффиксом -ск- топонимическое объяснение убедительнее: прозвища редко становились основой для «географических» фамилий, а вот название родового поместья — постоянно.