Фамилия Прокушин ведет начало от личного имени Прокуша — так в старину в быту могли называть человека, носившего крестильное имя Прокл или Прокопий. Оба этих имени пришли на Русь вместе с христианством из греческого языка, и оба в переводе связаны с довольно яркими образами. Прокл означает «предвестник славы», а Прокопий — «обнаживший меч». Понятно, что в повседневной жизни такие длинные и торжественные имена часто сокращали, приспосабливая к привычному звучанию. Так и появилась уменьшительная форма Прокуша, от которой уже напрямую образовалась фамилия через типичный для русских фамилий суффикс -ин. Суффикс этот указывает на принадлежность: Прокушин — значит «сын Прокуши», потомок того самого человека.

Святых покровителей у этих имен несколько, но в народной памяти наиболее заметным остался мученик Прокл, родом из города Калипты близ Анкиры. Его почитание было широко распространено, и родители, называя сына Проклом, надеялись, что он будет под защитой этого святого. Впрочем, не стоит исключать и вариант с Прокопием: в некоторых говорах формы Прокуша и Прокопша могли смешиваться, поэтому точно сказать, какое именно имя легло в основу фамилии у конкретной семьи, уже невозможно. Ономасты обычно допускают обе версии, но первая — от Прокла — считается более вероятной, поскольку она проще с точки зрения словообразования.

Сама фамилия Прокушин относится к древнему пласту русских семейных именований, которые закрепились в среде крестьян и посадских людей еще в XV–XVII веках. Тогда фамилия не была наследственной в современном смысле: сначала Прокушей звали отца, затем его сыновей могли записать Прокушиными детьми, а уже за внуками и правнуками это прозвание закреплялось окончательно. Таким образом, человек с фамилией Прокушин почти наверняка имеет предков, живших в центральной части России, где подобные уменьшительные имена от канонических имен были особенно распространены. Сегодня фамилия встречается нечасто, но она сохранила живую память о том, как наши предки сокращали и переиначивали громкие греческие имена на свой лад, делая их ближе и понятнее в повседневной речи.