Фамилия Прокушева образована от уменьшительной формы церковного имени Прокоп или Прокофий. В старину эти имена были широко распространены у русских, а в быту их обладателей звали сокращенно: Прока, Прокоша, Прокаш, а иногда и Прокуша. От этой последней формы и пошла фамилия. В переводе с греческого имя Прокоп означает «схватившийся за рукоятку» — так в древности называли человека, который уверенно берется за дело, будто за меч или плуг.

Имя Прокоп считается церковным. В православной традиции почитается святой Прокоп, которого народная память наделила покровительством над бедными и обездоленными. Популярность имени породила целый куст однокоренных фамилий: Прокофьев, Прокопов, Прокофин, Прокопьин, Прокаш, Пронин, Прока, Прокоша и другие. Прокушева стоит в этом ряду особняком благодаря редкому суффиксу -уш-, который придает основе уменьшительно-ласкательный оттенок. Так в деревнях могли звать ребенка или молодого человека, а затем это домашнее прозвище закреплялось за его потомками.

Существует и другая версия происхождения, но она менее правдоподобна. Согласно ей, основой стало прозвище Прокуша, которое давали запасливому, прочливому хозяину, умеющему предусмотреть нужды хозяйства наперед. Однако более убедительным выглядит связь именно с каноническим именем: модель образования фамилий от народных форм крестильных имен — одна из самых частых в русской ономастике, и Прокушева здесь не исключение.

Так или иначе, фамилия Прокушева сохранила живую память о своем первом носителе — человеке, которого в округе звали ласково Прокушей, и эта форма имени пережила века, превратившись в устойчивое родовое прозвание.