Фамилия Прошунин образована от имени Прошуня — так в быту называли человека, носившего одно из крестильных имён греческого происхождения. Чаще всего за этим прозвищем стояло имя Прокл, которое переводят как «минувшая слава», или Прокопий — «преуспевающий». Реже основой могли стать имена Протасий («передовой») или Прохор («запевала, руководитель хора»), но в любом случае круг имён-источников очерчен довольно чётко.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к уменьшительной форме имени Прошуня добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Прошунин буквально значит «сын Прошуни», «ребёнок того, кого звали Прошуня». Такая модель была особенно распространена в северных и центральных русских землях, где фамилии на -ин встречались не реже, чем более привычные на -ов.

Интересно, что имя Прошуня не стоит путать с глаголом «просить» — связь тут только звуковая. Хотя в народной этимологии такое сближение возможно, исторически корень уходит в греческие канонические имена, которые давали при крещении. Церковь требовала нарекать ребёнка именем святого, но в обиходе длинные и непривычные греческие формы быстро сокращали до коротких и ласковых: Прокл превращался в Прошу, а тот, в свою очередь, в Прошуню.

Фамилия фиксируется в документах с XVII века, когда у крестьян и посадских людей начали появляться наследственные прозвания. Первые Прошунины, судя по архивным данным, жили в Поволжье и на Русском Севере — регионах, где фамилии на -ин традиционно преобладали. Позже фамилия распространилась шире, но до сих пор чаще встречается в тех же областях.

С точки зрения ономастики, Прошунин — типичный пример «полуотчества»: фамилия застыла на стадии отчества, не успев превратиться в полную форму с суффиксом -ов. Это делает её ценным свидетельством живой народной традиции имянаречения, где греческое каноническое имя уживалось с простонародным сокращением.