Основой фамилии Прошунин послужило имя Прошуня. Имя Прошуня является производной формой одного из крестильных имён греческого происхождения: Прокл (переводится как «минувшая слава»), Прокопий («преуспевающий»), Протасий («передовой»), Прохор («запевала, руководитель хора») и других. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Прошуня, со временем получил фамилию Прошунин.