Фамилия Прошунина образована от имени Прошуня — так в народе называли мальчика или мужчину, носившего одно из крестильных имён греческого происхождения. Чаще всего за этим прозвищем скрывались Прокл, Прокопий, Протасий или Прохор. Значения у этих имён разные: Прокл — «минувшая слава», Прокопий — «преуспевающий», Протасий — «передовой», а Прохор — «запевала, руководитель хора». Объединяло их то, что все они начинались на «Про-», и в быту церковное имя быстро сокращалось до простого и удобного Прошуни.

Судя по модели образования, фамилия закрепилась в среде простого сословия. Имена-основы здесь не княжеские и не боярские, а обычные крестильные, которые широко использовали крестьяне и посадские люди. Поэтому родоначальник Прошуниных, скорее всего, был человеком незнатного происхождения — ремесленником, крестьянином или служилым человеком низшего ранга. Фамилия отвечает на вопрос «чей?»: Прошунина — это дочь или жена Прошуни, а в более широком смысле — потомок человека с таким именем.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность к роду, и это типичная русская модель для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на согласный или «-а». В данном случае основа Прошун- дала форму Прошунин, а женский вариант Прошунина исторически был формой жены или дочери, но в современном употреблении закрепился как самостоятельная фамилия.

Интересно, что имя Прошуня не было редкостью в старых документах: встречались и другие производные — Прошка, Проша, Проня. Но именно форма с суффиксом «-ун» придаёт фамилии особый оттенок: такие имена часто носили люди с живым, подвижным характером, либо, наоборот, те, кого ласково называли в семье. Со временем отчество-прозвище закрепилось за потомками, и фамилия Прошунина пережила столетия, сохранив память о том, как предков звали в быту, вне церковных святцев.