Фамилия Протодьяконов образована от прозвища Протодьякон, которое указывает на социальный статус предка. Протодьяконом (или протодиаконом) называется первый или главный дьякон в епархии, как правило, служащий при кафедральном соборе епархиального города. Титул протодьякона жаловался в виде награды за особые заслуги, а также диаконам придворного ведомства. Протодьякон считался представителем белого духовенства, то есть мог обзаводиться семьёй и иметь детей. Таким образом, потомки некого протодьякона могли получить фамилию Протодьяконовы. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Протодьякон, со временем получил фамилию Протодьяконов.