Фамилия Протодьяконов напрямую связана с церковной иерархией и рассказывает о предке, который носил высокий сан. В основе лежит прозвище или, точнее, титул Протодьякон — так называли первого, главного дьякона в епархии. Такой человек обычно служил при кафедральном соборе епархиального города, а сам титул жаловали как награду за особые заслуги или присваивали дьяконам придворного ведомства.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе, указывающей на отца, добавили притяжательный суффикс -ов. Вопрос «чей ты?» получал ответ «протодьяконов», то есть сын, потомок протодьякона. Со временем эта форма закрепилась как родовое имя и перешла от прямых наследников к более широкому кругу родственников.

Важная деталь, которую стоит учитывать: протодьякон принадлежал к белому духовенству. В отличие от чёрного (монашествующего), белое духовенство давало обет безбрачия только до рукоположения, а после — могло жениться и иметь детей. Именно поэтому у протодьякона могли появиться потомки, которые и унаследовали его прозвание в виде фамилии. Если бы предок был, скажем, иеродьяконом из монахов, фамилия вряд ли возникла бы — у монашествующих детей не бывает.

В написании фамилии встречается вариант с буквой «о» после «д» — Протодьяконов, что отражает греческое происхождение слова (протос — первый, диаконос — служитель). В некоторых документах XIX века можно встретить написание «Протодиаконов», но форма с «ья» прижилась в русской традиции как более соответствующая произношению.

Фамилия эта редкая и почти всегда имеет конкретную географическую привязку к местам, где существовали кафедральные соборы. Носители фамилии, как правило, потомки церковнослужителей из епархиальных городов центральной России и Сибири, где в XVIII–XIX веках штаты соборных клиров были достаточно велики, чтобы титул протодьякона встречался не единично.