Фамилия Протосеня звучит по-украински и по-словообразовательной модели действительно принадлежит украинской традиции. В её основе лежит крестильное имя Протас, которое в просторечии часто звучало как Протос. Греческое имя Протасий переводится как «стоящий впереди», «передовой», и в старину его давали при крещении, не вкладывая в это бытового смысла — просто следуя святцам.

Разбираем фамилию по частям. Корень — Протос, а вот суффикс -еня указывает на принадлежность, родство. В украинском языке такие формы с суффиксом -еня, -оня активно использовали для обозначения детей: Гриценя — сын Грица, Иваненя — сын Ивана. Так и Протосеня буквально понималось как «сын Протоса», то есть сын человека по имени Протас. Со временем эта форма закрепилась как фамильное прозвище, а затем и как наследственная фамилия.

Интересно, что имя Протас в народной среде нередко переделывали: Протасий, Протас, Протос, Проня. От этих вариантов пошли и другие фамилии — Протасов, Протасенко, Протасевич. Протосеня стоит в этом ряду особняком: она сохранила более редкую, разговорную форму имени и характерный украинский суффикс, который в России почти не встречается.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и южным областям, где украинская антропонимия складывалась под влиянием казацкой среды. В реестрах запорожского войска и метрических книгах XVII–XVIII веков встречаются носители подобных прозвищ, но точных данных о конкретном родоначальнике Протосеней нет. Можно лишь уверенно сказать: предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или казаками, а сама фамилия возникла в среде, где имя отца естественным образом превращалось в семейное прозвание.

Правописание фамилии устойчивое — через «е» в суффиксе, хотя в документах иногда встречается вариант Протосиня. Это не ошибка, а следствие того, что в украинских говорах безударный звук после мягкого согласного произносится близко к «и». Однако историческая форма с «е» считается основной.

Так что если ваша фамилия Протосеня, то в её основе лежит древнее греческое имя с гордым значением «стоящий впереди», а сам способ образования выдает украинские корни рода, уходящие в ту эпоху, когда фамилии только начинали закрепляться за семьями.