Фамилия Протосеня относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Протос. Мужское крестильное имя Протас (Протасий) в переводе с греческого означает «стоящий впереди». Поэтому Протосеня буквально понималось как «сын Протоса».