Фамилия Протасеня относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Протасий. Мужское крестильное имя Протас (Протасий) в переводе с греческого означает «стоящий впереди», в основу же фамилии легла его уменьшительная версия Протасеня.