Фамилия Протасеева — женская форма от мужской Протасеев, и её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем Протас. В основе лежит каноническое крестильное имя Протасий, которое восходит к греческому «протассио» — «выставлять вперёд» или «первенствовать». В русской традиции имя Протасий было распространено среди крестьян и духовенства, но со временем сократилось до разговорной формы Протас, от которой и пошла фамилия.

Суффикс -еев указывает на принадлежность: Протасеев буквально означает «сын Протаса» или «из рода Протаса». Такая модель образования типична для русских фамилий, возникших от имён на -а (сравните: Кузьма — Кузьмин, Фома — Фомин). Однако в случае с Протасой (мужское имя с окончанием -а) фамилия могла бы быть Протасин, но здесь мы видим Протасеев. Это объясняется тем, что в основе лежала полная форма Протасий, а не краткая Протас: от неё образовали притяжательное прилагательное «Протасеев» через суффикс -ев (как от Тимофей — Тимофеев, Алексей — Алексеев). Таким образом, фамилия закрепилась в форме, напоминающей отчество от церковного имени.

Географически фамилия Протасеева встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Курской, Белгородской и Воронежской областях. Это указывает на то, что предки носителей были, скорее всего, однодворцами или государственными крестьянами — людьми, которые несли сторожевую службу на южных границах Московского государства. В этих краях имя Протасий было в ходу вплоть до XIX века, что подтверждается метрическими книгами.

Интересно, что фамилия Протасеева сравнительно редка и не имеет широко известных дворянских ветвей. В отличие от однокоренных Протасьевых, которые могли принадлежать к старомосковскому боярству (вспомним хотя бы бояр Протасьевых при Иване Грозном), форма Протасеев осталась в простонародной среде. Это лишний раз доказывает, что одна и та же основа могла дать разные фамилии в зависимости от сословия и региона: там, где имя произносили как Протасий, возникали Протасьевы, а где как Протас — Протасовы. Протасеевы же — промежуточный, книжный вариант, закрепившийся в письменной фиксации.