Фамилия Прудниченков — это классическое отчество второго порядка, которое напрямую рассказывает о занятии предка. Если расшифровать цепочку, то Прудниченков — это сын Прудниченко и внук Прудника. Такая модель образования (прибавление суффикса -ов к отчеству на -енко) характерна для украинских и южнорусских земель, где в XVII–XVIII веках часто строили фамилии именно по такой схеме: внук, носивший имя деда, получал двойное приращение.

Основа фамилии — прозвище Прудник. В старину так называли мельника, который работал на водяной мельнице с запрудой. Это профессиональное именование указывало на род деятельности, но в народном сознании несло и дополнительный смысл. Мельник, связанный со стихией воды, считался человеком почитаемым и загадочным: за ним закреплялась репутация колдуна или знахаря. Существовали даже обряды задабривания водяного — в пруд бросали хлебные крошки или дохлых животных, чтобы мельница работала исправно. Так что прозвище Прудник могло отражать не только профессию, но и уважение, смешанное с опаской, которое испытывали к мельнику односельчане.

Первые упоминания однокоренных именований встречаются в документах XVII века. Из юго-западных актов известны «Стенко да Левонтейка, а прозвище Ивашка, Ивановы дети Прудники, литовские люди из Лохвицкого уезда» (1648 год) и «Федор Михайлов сын Прудников, черниговский боярский сын» (1658 год). Эти записи показывают, что прозвище было широко распространено на территории современной Украины и в Черниговском крае, откуда, вероятно, и пошла ветвь Прудниченковых.

Интересно, что форма Прудниченков, а не более привычное Прудников, встречается реже и имеет выраженную региональную окраску. Она закрепилась в тех семьях, где предки носили отчество Прудниченко, а уже их потомки, переезжая в великорусские губернии, русифицировали окончание, добавив конечное -ов. Таким образом, фамилия хранит память о миграции: из малороссийских земель на север и восток, где фамилии на -енко постепенно адаптировались к местной традиции.