Фамилия Прудниченко — характерный пример южнорусской и украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в среде запорожского казачества и крестьянства левобережной Украины, а затем закрепилась на Слобожанщине и Кубани. Суффикс -енко указывал на сына или потомка: Прудниченко — буквально «сын Прудника».

Основа фамилии — прозвище или профессиональное именование Прудник. Прудник — это человек, который жил у пруда, следил за прудом, разводил в нём рыбу, а также мог быть мельником на прудовой мельнице. В южных говорах слово «пруд» нередко означало не только искусственный водоём, но и запруду, плотину. Владельцы или арендаторы прудов были людьми зажиточными, поэтому фамилия могла закрепиться за их потомками.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от имени Прудник, которое в старину иногда давали как нецерковное, охранительное имя: считалось, что назвать ребёнка в честь водоёма — значит защитить его от сглаза. Однако такая практика для XVI–XVII веков редка, и профессиональное происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия Прудниченко встречается в основном в Полтавской, Черниговской и Харьковской областях, а также среди потомков переселенцев в Краснодарском крае. В писцовых книгах и ревизских сказках XVIII века она почти не фиксируется — вероятно, оформилась позже, чем фамилии на -ов/-ев, и долго бытовала в устной форме. Сейчас это довольно редкая фамилия, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких близких родов.