Фамилия Пруднова — женская форма фамилии Пруднов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Прудной, которое в XVI–XVII веках было вполне обычным. Происхождение простое и прозрачное: от слова «пруд». Прудной — человек, живший у пруда, либо владевший им, либо работавший на нём (например, прудовый сторож или рыболов). В говорах слово «пруд» могло означать не только искусственный водоём, но и запруду, плотину, так что прозвище могли дать и тому, кто строил или обслуживал запруды на реках.

Суффикс -ов в основе указывает на типичную модель образования русских фамилий: Пруднов буквально значит «сын Прудного» или «из семьи Прудного». Фамилия относится к числу «географических» — таких, которые указывали на место жительства (сравните: Зайцев, Болотов, Луговой). Интересно, что фамилия Пруднов нередко встречается в центральных и южных областях России, где прудовое хозяйство было развито, но в северных регионах она редка — там пруды не были столь характерны для ландшафта.

Мужская форма Пруднов могла также возникнуть от названия деревни Прудново или Прудная — такие топонимы есть в Тверской, Московской, Калужской областях. В этом случае фамилия не прозвищная, а «владельческая»: её получали крестьяне, переселённые из села Прудново, или дворовые люди, принадлежавшие помещику из этой местности. Различить эти два пути без генеалогического исследования конкретной семьи невозможно, но оба они ведут к одному корню.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «о» — Прудновъ, а в женском роде — Пруднова. Изменение окончания не влияло на смысл. Сегодня Прудновы — не самая редкая, но и не массовая фамилия: по данным середины XX века, она встречалась преимущественно в Поволжье и на Урале, что может говорить о переселении крестьян в ходе аграрных реформ XIX века.