Фамилия Прудников прямо отвечает на вопрос, чем занимался её первый носитель. В основе лежит прозвище Прудник, которое в старину означало мельника на водяной мельнице, то есть мельнице с запрудой. Человек, устроивший запруду на реке и поставивший на ней колесо, кормил всю округу, и его ремесло было у всех на виду, поэтому прозвище быстро закреплялось и переходило к детям.

Прозвище и фамилия документированы уже в XVII веке в юго-западных актах. Среди ранних упоминаний — Стенко да Левонтейка, а прозвище Ивашка, Ивановы дети Прудники, литовские люди из Лохвицкого уезда, 1648 год, а также Федор Михайлов сын Прудников, черниговский боярский сын, 1658 год. Эти записи ценны вдвойне: они показывают, что прозвище бытовало и среди простых людей, и у служилого сословия, а значит, фамилия не была закреплена за одним социальным слоем.

Словообразовательная модель проста и типична для восточнославянских фамилий: к основе Прудник добавляется патронимический суффикс -ов, образующий притяжательное прилагательное. Изначально форма Прудников означала «сын Прудника», и лишь со временем закрепилась как наследственная фамилия. Тот же корень дал жизнь однокоренным фамилиям Прудов, Пруденков, а также топонимическим Прудский, Прудской, которые могли возникать независимо от названий сёл с прудами.

Интересно, что в некоторых говорах прудником могли называть не только мельника, но и человека, который следил за прудом, разводил в нём рыбу или содержал его в порядке. Однако версия с мельником остаётся основной: она подтверждается и ранней документацией, и логикой хозяйственной жизни, где запруда и мельница составляли единый комплекс. Потомки человека, обладающего прозвищем Прудник, со временем получили фамилию Прудников, и сегодня она встречается по всей России, но чаще всего там, где были развиты водяные мельницы, — в центральных областях и на юге страны.