В основе фамилии Прудникова лежит прозвище, данное по занятию: Прудником в старину называли мельника на водяной мельнице (мельнице с запрудой). Прозвище и фамилия документированы в XVII в. в юго-западных актах, где упоминаются «Стенко да Левонтейка, а прозвище Ивашка, Ивановы дети Прудники, литовские люди из Лохвицкого уезда, 1648; Федор Михайлов сын Прудников, черниговский боярский сын, 1658 г.» Уже в XV–XVI веках в среде богатых людей начинают закрепляться и передаваться из поколения в поколение фамилии, обозначающие принадлежность человека к конкретной семье. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Прудник, со временем получил фамилию Прудникова.