Фамилия Прунитца — редкий случай, когда написание подсказывает путь происхождения точнее, чем произношение. На слух она сбивает с толку: кажется, что перед нами фамилия с типичным русским суффиксом -иц(а), как у Курицы или Синицы. Но буквосочетание «тц» и ударение, скорее всего, на первый слог выдают иноязычную основу, которую пытались освоить по-русски.

Скорее всего, Прунитца — это русифицированная форма немецкой фамилии Prunitz или польской Prunica. В немецком варианте основа может восходить к слову «Prun» — диалектному названию сливы (от латинского prunus). Тогда прозвище Prunitz давали либо садоводу, торговавшему сливами, либо человеку с характерной внешностью — например, смуглому или круглолицему. В польском языке возможна связь с глаголом «prunąć» (ударить, треснуть) — такое прозвище мог получить драчун или человек с резким, прямым характером.

Суффикс -итца (в оригинале -itz, -ica) в русской передаче превратился в -итца, а не в -ица, потому что в XIX веке при записи фамилий в метрические книги немецкое «tz» часто передавали как «тц». Это типично для фамилий остзейских немцев или выходцев из польских губерний, попавших в центральную Россию. Замена окончания на -а сделала фамилию грамматически женской по форме, но она склоняется как существительное общего рода: Прунитца, Прунитцы, Прунитце.

Географически фамилия привязана к западным губерниям Российской империи (Витебская, Могилёвская, Волынская) и к Санкт-Петербургу, куда переселялись немцы-ремесленники. Носители, скорее всего, не были дворянами — такие фамилии чаще встречались у мещан, аптекарей, садовников или мелких чиновников лютеранского вероисповедания.

Встречается и вариант написания Пруниц, без конечного -а. Но форма Прунитца — показатель того, что фамилию записывали уже в русской среде, где женское окончание было привычнее.