Фамилия Пшонникова — женская форма фамилии Пшонников, и её основа — прозвище или профессиональное именование Пшонник. В отличие от более очевидных «пшеничных» фамилий (Пшеничников, Пшеницын), здесь корень указывает на пшонник — это не пшеница, а пшено. В русских говорах так называли торговца пшеном или того, кто его производил, то есть крупяника. Прозвище могли дать человеку, который держал лавку с крупой, работал на мельнице, где обдирали просо, или просто был заметен своей любовью к пшенной каше.

Словообразовательная модель — суффикс -ник с последующим патронимическим -ов. Это типичный путь для фамилий, образованных от названия ремесла: если человек делал или продавал пшено, его звали Пшонник, а его потомков — Пшонниковы. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Пшонника». Фамилия довольно редкая, и её ареал, скорее всего, связан с южнорусскими или центральными областями, где было распространено просо как сельскохозяйственная культура. На севере, где сеяли меньше проса, такая фамилия встречается реже.

В ономастических трудах (например, в словаре Б. Унбегауна) фамилии на -ников, образованные от названий продуктов и ремесел, разбираются как одна из самых массовых групп русских фамилий. Однако Пшонников стоит в этом ряду особняком: его основа не столь прозрачна, как, скажем, у Масленникова или Сыроварова. Неспециалист может спутать её с «пшеничной» ветвью, но лингвистически это ошибка: пшено и пшеница — разные злаки, и в говорах эти слова никогда не смешивались.

Единственная возможная альтернативная версия — связь с диалектным словом «пшонка» (так в некоторых областях называли просяную солому или мякину). Но она менее правдоподобна: прозвище по соломе давали бы скорее Пшонникову, а Пшонникову — по торговле или производству крупы. Так что основная версия остаётся ремесленной: предок носительницы фамилии был крупяником, и его занятие закрепилось в родовом имени.