Фамилия Пучнинская образована от прозвища Пучнинский, которое восходит к топониму Пучнино. Так называются деревни в Ленинградской и Вологодской областях. Вполне вероятно, что предок Пучнинских родился или долгое время жил в одном из этих населенных пунктов. По другой версии, в основе данного прозвища лежит диалектное слово «пучня», которое означало «пучок, горсть, охапка». Возможно, что оно было связано с определенными чертами внешности человека: с полнотой (до сих пор в некоторых говорах сохранилось выражение «Наелся, как пучок»). Однако не исключено, что это прозвище указывало на прическу родоначальника: в старину многие мужчины связывали свои волосы в пучок. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пучнинский, со временем получил фамилию Пучнинская.