Фамилия Пучнина образована от прозвища Пучня, а оно, в свою очередь, — от диалектного слова «пучня», то есть «пучок, горсть, охапка». Человек, получивший такое прозвище, мог быть крепким, коренастым, «сбитым», как сноп, или же иметь какую-то иную внешнюю черту, напоминавшую охапку. Степан Веселовский в своих исследованиях упоминает однокоренные прозвища: Пученкин Тарас, бобыль, 1620 год, Белев; Пучень, крестьянин, 1495 год, Новгород; Пучко Молвянинов, 1556 год. Эти записи показывают, что прозвища с корнем «пуч-» были распространены в разных землях и в разное время, что говорит о живом, бытовом происхождении слова.

Суффикс «-ин» в фамилии Пучнина указывает на принадлежность: «чей?» — Пучнин, то есть сын, потомок Пучни. Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Потомок человека по прозвищу Пучня со временем получил фамилию Пучнина — так она закрепилась за родом. Несмотря на то что прозвище звучит неблагозвучно для современного уха, в старину оно не несло отрицательного смысла и, скорее всего, описывало физическую стать или манеру поведения.