Фамилия Пученина — женская форма фамилии Пученин, и её разбор стоит начать с суффикса. Окончание -ин указывает на притяжательную модель: так образовывали фамилии от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Пучен(я), а суффикс -ин буквально означает «чей?» — сын или потомок Пучени. Это одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, характерная для северных и центральных областей России.

Корень фамилии — пучен(я) — скорее всего, восходит к прозвищу или мирскому имени Пученя. В русских говорах слово «пучень» или «пученя» могло означать нечто пухлое, набухшее, вздутое. В словаре В. И. Даля «пучень» — это опухоль, вздутие, а также растение с полыми стеблями (например, борщевик). Прозвище Пученя могли дать человеку с пышной фигурой, с крупными чертами лица или, наоборот, тому, кто жил в болотистой местности, где «пученит» землю — то есть вздымает её влагой. Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с диалектным «пучка» — пучок, связка; тогда прозвище могло относиться к ремеслу — например, к тому, кто вязал снопы или пучки лыка.

Географически фамилия Пученин (и Пученина) нечастотна, но встречается в записях по Вологодской, Архангельской и Кировской областям — регионах, где активно бытовали прозвищные фамилии на -я. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян с таким именованием: например, в переписных книгах Важского уезда упоминаются Пученины, что подтверждает севернорусское происхождение. Сословно предки, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянских родов с такой фамилией в исторических справочниках не зафиксировано.

Интересная деталь: фамилия Пученин не связана с пучением как процессом в современном бытовом смысле (например, вспучивание грунта). Слово «пучень» в старом языке имело более широкий спектр значений — от ботанического до медицинского. Поэтому, если искать однокоренные фамилии, стоит обратить внимание на Пучков, Пучкин — они образованы от той же основы, но с другим суффиксом. Пученин же сохраняет более архаичную форму, что делает её ценной для историков говоров.